A igreja de Santo Antônio foi aberta aos fiéis em 1867. O convento original, junto à Capela Bom Jesus dos Navegantes começou a ser construído em agosto de 1624. Alguns eventos importantes aconteceram nesta igreja, como as reuniões que antecederam à Batalha de Beckman, em 1684. Manuel Beckman era um agricultor alemão que expulsou os jesuítas e passou a exigir melhorias para a cidade.
Um fato interessante aconteceu no início do século XVIII, relacionado à esta igreja, pois os padres franciscanos moveram um processo contra as formigas por desfalcarem a despensa. A capela do Senhor Bom Jesus dos Navegantes, de construção anterior se incorporou à igreja. Já a capela e o altar-mor têm estilos neoclássicos. Acontecimento importante ocorreu na década de 1990, no qual a sua Santidade, o Papa João Paulo II, em visita ao Brasil, celebrou uma missa nas suas dependências.
